1 grudnia 1935 r. przy ul. Rakowieckiej 61 w Warszawie otwarto z fundacji papieża Piusa XI Dom Pisarzy Towarzystwa Jezusowego. 20 czerwca 1938 r. w kaplicy Domu umieszczono ofiarowane przez Stolicę Apostolską relikwie św. Andrzeja Boboli. Po II wojnie światowej 1 stycznia 1953 r. Stefan kard. Wyszyński, Prymas Polski erygował parafię pw. św. Andrzeja Boboli. Po wieloletnich zabiegach 19 maja 1980 r. władze PRL wydały zgodę na budowę kościoła, 13 czerwca tego roku Stefan kard. Wyszyński, Prymas Polski poświęcił plac pod budowę Sanktuarium, a 15 października papież Jan Paweł II poświęcił w Rzymie kamień węgielny przywieziony z Janowa Podlaskiego, miejsca kaźni i śmierci św. Andrzeja Boboli. Uroczystość wmurowania kamienia węgielnego na placu budowy odbyła się 16 maja 1981 r. 17 kwietnia 1988 r. Józef kard. Glemp, Prymas Polski, pobłogosławił kościół i celebrował pierwszą mszę św. w górnym kościele, a 24 listopada 1991 r. dokonał konsekracji Sanktuarium.
Kościół pw. św. Andrzeja Boboli na ulicy Rakowieckiej jest budowlą na planie ośmioboku o nowoczesnej konstrukcji z cegły i betonu. W fasadzie wyeksponowana została żelbetowa rama konstrukcyjna. Wnętrze zdobią witraże autorstwa Teresy Reklewskiej będące wizją Chwały Bożej, a zaranżowane zostało jako sanktuarium martyrologii polskiej. W szczególny sposób wyeksponowana jest srebrna trumna z relikwiami św. Andrzeja Boboli usytuowana między dwoma rzędami stopni prowadzących do wielkiego ołtarza. Za ołtarzem, z lewej strony od trumny znajduje się obraz Henryka Musiałowicza przedstawiający Świętego stojącego ze związanymi rękami na tle ukrzyżowanego Chrystusa. W marmurowej kaplicy, pod wielkim ołtarzem znajduje się obraz Matki Bożej Kozielskiej, powstałych w obozie w Kozielsku z inicjatywy jednego z więźniów Tadeusza Bireckiego. Znajduje się tu również różaniec z paciorkami w formie wagonów bydlęcych z nazwami miejscowości na terenie Kazachstanu i Syberii. Różaniec został wykonany i ofiarowany przez poetę Mariana Januszajtisa, który jako dziecko wraz z matką i siostrą, podobnie jak wiele innych rodzin z Kresów Wschodnich, przebył w bydlęcym wagonie kilka tysięcy kilometrów do miejsca zesłania. W dolnym kościele na jednej z bocznych ścian wyeksponowany jest obraz Matki Bożej Częstochowskiej z Oflagu w Sanbostel k. Hamburga (Stalag XB), amalowany przez jednego z polskich podoficerów dla kaplicy obozowej i przywieziony do Warszawy przez kapelana powstania warszawskiego ks. Jana Wojciechowskiego. W przyległym do kościoła domu zakonnym mieści się krypta poległych tu księży, braci i osób świeckich w drugim dniu powstania warszawskiego. 2 sierpnia 1944 r. w kotłowni Domu Pisarzy Towarzystwa Jezusowego Niemcy rozstrzelali 44 Polaków, w tym 8 kapłanów i 8 braci jezuitów oraz 28 osób świeckich, które schroniły się na terenie klasztoru. Tego dnia zamordowani zostali też księża jezuici Edward Kosibowicz i Franciszek Szymaniak. Wszystkie ofiary zostały spalone i pochowane pod posadzką pomieszczenia kotłowni, gdzie po wojnie urządzono kaplicę. Przed świątynią znajduje się krzyż przywieziony w dniu ogłoszenia stanu wojennego 13 grudnia 1981 r. z fabryki Samochodów Osobowych na Żeraniu.
Grupy wcześniej zgłoszone mogą być oprowadzone przez przewodnika lub duszpasterza po sanktuarium pamiątek martyrologii polskiej.
